Arbetsbeskrivning

Arbetsuppgifter

Alpha Cell är ett nytt SciLifeLab-program som syftar till att bygga en beräkningsbaserad modellen av den mänskliga cellen. Programmet leds av Jan Ellenberg, föreståndare för SciLifeLab, och Mathias Uhlén, föreståndare för Human Protein Atlas, tillsammans med ett samverkande, multi-institutionellt nätverk av forskare och infrastrukturella enheter inom SciLifeLab.

Human Protein Atlas (HPA) är ett storskaligt internationellt initiativ som kartlägger proteiner i mänskliga celler, vävnader och organ med hjälp av antikroppsbaserad bildanalys, transkriptomik och systembiologiska metoder. Sedan starten har atlasen blivit en av världens mest omfattande öppna resurser för spatial molekylärbiologi, med miljontals bilder och omfattande molekylära mätdata. All data tillgängliggörs öppet och används brett av forskare världen över.

Alpha Cell-programmet rekryterar en postdoktor i biologiska datasystem för att utveckla skalbara datainfrastrukturer och beräkningssystem för stora biologiska data. Tjänsten är inom Human Protein Atlas vid KTH och SciLifeLab. Kandidaten kommer att arbeta nära Avlant Nilssons grupp för cancercellmodellering samt Wei Ouyangs AICell grupp, vilka tillsammans kommer att utveckla en cellmodell baserad på HPA och andra externa storskaliga dataset.

Tjänsten fokuserar på att etablera och stödja dataunderlaget för programmets initiala modelleringsinsatser genom att identifiera, utvärdera, strukturera och integrera stora biologiska dataset samt utveckla skalbara pipelines, standardiserade representationer och AI‑anpassade, användarvänliga gränssnitt för effektiv beräkningsmodellering. Arbetet bedrivs i SciLifeLabs tvärvetenskapliga miljö där bilddata, molekylära data och beräkningsmetoder utvecklas parallellt, och omfattar utveckling av system och tjänster som tillgängliggör data för AI‑system och beräkningsverktyg. Postdoktorn kommer arbeta nära Human Protein Atlas (HPA)‑teamet och andra forskare för att förbättra dataintegration, annotering, struktur och tillgänglighet, koppla externa datakällor samt bidra till öppen delning av vetenskap och AI‑drivna arbetsflöden.

Kvalifikationer

Krav

• Avlagd doktorsexamen eller utländsk examen som bedöms motsvara en doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas.
• God förståelse av biologiska data och dess relevans inom cellbiologi, såsom bilddata, transkriptomik, proteomik eller spatialt data
• Gedigen erfarenhet av att använda öppna databaser och bioinformatiska verktyg
• Gedigen programmeringsförmåga för utveckling av beräkningsverktyg eller dataflöden (Python eller liknande), god mjukvaruteknisk praxis, erfarenhet av samarbetsutveckling (t.ex. Git/GitHub) samt förmåga att använda AI-assisterade kodverktyg effektivt
• God kommunikations- och samarbetsförmåga samt förmåga att arbeta mot experimentella, beräkningsrelaterade och infrastrukturfokuserade team

Meriterande

• Vid sista ansökningsdag högst tre år sedan doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen avlades.
• Doktorsexamen i bioinformatik, beräkningsbiologi, cellbiologi med starkt beräkningsinslag, eller närliggande område
• Erfarenhet av arbete med stora heterogena dataset
• Erfarenhet av biologiska datatyper såsom bilddata, genomik, proteomik eller spatial kartläggning
• Erfarenhet av att bygga skalbara eller automatiserade databehandlingsflöden
• Erfarenhet av att bygga API:er eller datatjänster för stora vetenskapliga datamängder
• Kunskap om Model Context Protocol eller liknande system för att exponera data för AI-verktyg och agenter
• Erfarenhet av att utveckla infrastruktur för maskininlärningsflöden
• Erfarenhet av att bidra till öppna dataplattformar eller stora vetenskapliga databaser
• Medvetenhet om mångfalds- och likabehandlingsfrågor med särskilt fokus på jämställdhet

Vi kommer att lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Bli en del av KTH

KTH formar framtiden genom utbildning, forskning och innovation. Som ett ledande internationellt tekniskt universitet spelar vi en aktiv roll i att driva och medverka i omställningen till ett hållbart samhälle. Här erbjuds du möjligheten att växa och utvecklas på en kreativ och dynamisk arbetsplats med goda arbetsvillkor och förmåner. Jämställdhet, mångfald och lika villkor är en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund som universitet och statlig myndighet.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att arbeta och utvecklas på KTH.

Fackliga representanter

Kontaktuppgifter till fackliga representanter.

Ansökan

Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska innehålla:

• CV inklusive relevant yrkeserfarenhet och kunskap.
• Kopia av examensbevis och betyg från dina tidigare universitetsstudier. Översättningar till engelska eller svenska om de ursprungliga dokumenten inte utfärdas på något av dessa språk.
• Kortfattad redogörelse för varför du vill bedriva forskning, dina akademiska intressen och hur de relaterar till dina tidigare studier och framtida mål. max 2 sidor lång.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (Central European Time/Central European Summer Time).

Om anställningen

Anställningen gäller tillsvidare, dock längst två år

En anställning som postdoktor är en tidsbegränsad meriteringsanställning med huvudinriktning mot forskning avsedd som ett första karriärsteg efter disputation.

Övrigt

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering.

Det kan förekomma att en anställning hos KTH är placerad i säkerhetsklass. Om så är fallet för just denna anställning görs en säkerhetsprövning av sökande i enlighet med säkerhetsskyddslagen (2018:585) efter samtycke. I dessa fall är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd efter säkerhetsprövning.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.