Arbetsbeskrivning

Doktorand: DDLS integrativ pangenomik av polyploider

Institutionen för växtbiologi

Institutionen för växtbiologi erbjuder en stimulerande internationell forskningsmiljö inom Uppsala BioCenter. Vid institutionen bedrivs både grundläggande och strategisk växtbiologisk forskning på vilda arter, jordbruksgrödor, skogsträd, bioenergigrödor och modellorganismer. Våra huvudsakliga forskningsområden omfattar genomanalys, interaktioner mellan växter och mikroorganismer, samt andra typer av stress såsom växttillväxt och utveckling, bioteknik och metabol reglering, genuttrycksreglering, populationsgenetik och utveckling av förädlingssystem. Uppsala har två universitet och med mer än 50 000 studenter en livlig och forskningsintensiv studentmiljö.

Mer information om institutionen:

https://www.slu.se/institutioner/vaxtbiologi-skogsgenetik/

Läs mer om våra förmåner och hur det är att arbeta vid SLU:

https://www.slu.se/om-slu/jobba-pa-slu/

Doktorand: DDLS integrativ pangenomik av polyploider

Projektbeskrivning

Detta doktorandprojekt undersöker hur helgenomduplikation påverkar genomevolution genom jämförande pangenomik av flera naturliga diploid–polyploid-artpar. Doktoranden kommer att analysera ett unikt dataset av kromosomskaliga genomassembleringar och populationsgenomiska data för att identifiera strukturella varianter och adaptiva mutationer associerade med genomduplikation. Du kommer att ingå i Yant Lab (https://www.yantlab.net/).

Med hjälp av storskalig grafbaserad pangenomik och framåtriktade evolutionära simuleringar kommer doktoranden att utveckla prediktiva modeller för polyploid genomevolution över olika evolutionära tidsskalor. Projektet ger tvärvetenskaplig utbildning inom bioinformatik, evolutionär genomik och högprestandaberäkningar inom ramen för DDLS-initiativet (Data-Driven Life Science).

Vid SLU i Uppsala utlyses denna tjänst som DDLS-doktorand inom området Data-driven evolution och biodiversitet.

Data-driven evolution och biodiversitet omfattar forskning som utnyttjar omfattande datamängder från exempelvis storskalig sekvensering av genom och biom, kontinuerlig registrering av video och ljud i naturliga miljöer, högkapacitetsavbildning av biologiska prov samt storskalig fjärrövervakning av organismer och habitat.

Kvalifikationer

Den sökande ska ha en masterexamen i bioinformatik, molekylärbiologi, cellbiologi, genetik, växtbiologi eller ett närliggande område, samt dokumenterad erfarenhet av beräkningsbaserad analys (Python eller R och HPC-miljöer). Ett dokumenterat starkt intresse för genomik och/eller polyploidi är ett krav.

Erfarenhet av DNA-reparationsanalyser, cytogenetik, funktionell växtgenetik, transgenik/CRISPR eller avancerad mikroskopi är meriterande.

Placeringsort

Uppsala.

Anställningsform

Anställning som doktorand (4 års utbildning).

Tillträde

Enligt överenskommelse, så snart som möjligt.

Ansökan

Du är välkommen att skicka in din ansökan via ansökningsknappen senast 2026-06-29.

För att vara behörig till forskarutbildning krävs examen på avancerad nivå eller minst fyra års heltidsstudier, varav minst ett år på avancerad nivå.

Urval bland behöriga sökande baseras på skriftlig ansökan inklusive personligt brev, CV, examensarbete, kopior av examensbevis och studieutdrag från tidigare grund- och avancerad utbildning vid universitet eller högskola, två referenser samt dokumenterad goda kunskaper i engelska. Mer information om språkkrav finns här:

https://www.slu.se/utbildning/program-kurser/forskarutbildning/att-bli-doktorand/

Observera att sökande som kallas till intervju ska kunna uppvisa vidimerade kopior av examensbevis (eller motsvarande) och studieutdrag från tidigare studier på grund- och avancerad nivå. Utländska medborgare ska även uppvisa vidimerad kopia av pass med foto och personuppgifter.

Läs mer om forskarutbildning vid SLU:

http://www.slu.se/utbildning/program-kurser/forskarutbildning/

Fackliga kontaktpersoner:

https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/

Vi arbetar aktivt för en jämställd och inkluderande arbetsmiljö där öppen dialog mellan människor med olika erfarenheter utgör grunden för vetenskaplig excellens, kreativitet och utveckling.

Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) har en central roll i utvecklingen av ett hållbart liv, baserat på vetenskap och utbildning. Genom vårt fokus på samspelet mellan människa, djur och ekosystem samt ett ansvarsfullt nyttjande av naturresurser bidrar vi till hållbar samhällsutveckling och goda livsvillkor på vår planet. Vi strävar efter en arbetsmiljö präglad av inkludering och jämställdhet, där olika erfarenheter främjar dialog och skapar förutsättningar för vetenskaplig utveckling och kreativitet. Vi välkomnar därför sökande med olika bakgrund och perspektiv.