Arbetsbeskrivning

Institutionen för husdjurens biovetenskaper

Vi söker en forskare i syfte förbereda framtida projekt inom genetisk grund för feralisering hos kycklingar

Om jobbet

Vi söker en motiverad och engagerad forskare som har kunskap om de genetiska konsekvenserna av feralisering och hur dessa processer kan förändra fenotypen hos förvildade och vilda kycklingar. Tjänsten innebär att arbeta med och leda ett projekt där du kommer att analysera genomiska-, transkriptomiska- och metyleringsdata som erhållits från förvildade fåglar från Hawaii och Bermuda. Du kommer att använda dessa data i kombination för att bestämma den genetiska grunden för feralisering, och i synnerhet den roll som kritiska regioner har för att forma fenotypisk variation. Vidare kommer en stor ’single-cell’ data också att analyseras för att förstå hur den genetiska grunden för feralisering motsvarar de skillnader som framkallas av domesticering från ett vilt tillstånd. Dessa identifierade regioner och gener kommer sedan att användas för att producera en transgen kyckling för att förvandla en tam kyckling till vild, som en del av ett pågående projekt med Revive & Restore. Möjligheter till forskningsbesök utomlands kan finnas. Forskningen involverar bioinformatiskt arbete med storskaliga genomiska, transkriptomiska och metylomiska data, samt ’single-cell’ analys.

Du måste ha en doktorsexamen i husdjursvetenskap, veterinärmedicin, naturvetenskap eller teknik. Du måste också ha dokumenterad goda kunskaper i skriftlig och muntlig engelska. Projektet innebär att utforska de evolutionära mekanismerna bakom feralisering och domesticering hos kycklingar, analysera WGS-data och RAD-seq-data (genomik), RNA-seq-data (transkriptomik), MeDIP-seq-data (metylomik) samt scRNA-seq- och scATAC-seq-data (single-cell omik) från förvildade kycklingar från olika populationer. Nödvändiga metoder och färdigheter inkluderar kvantifiering av genuttryck (både bulk RNA-seq och scRNA-seq) och kromatisk tillgänglighet (scATAC-seq) i olika vävnader, undersökning av differentiellt genuttryck (med t.ex. DESeq2 och EdgeR), att hitta förmodade selektiva svep med en kombination av flera metoder (SweepFinder2, SweeD, OmegaPlus, Rehh, Tajima’s D), analys av homozygositet (ROH) och beräkning av inavelskoefficienter (FROH), beräkning av olika populationsgenetiska mätvärden (t.ex. heterozygositet, LD-kurva), utförande av QTL-analyser (Quantitative Trait Loci) och GWAS (Genome-wide Association Study) för att identifiera samband mellan genotyper och morfologiska och beteendemässiga egenskaper (med både MatrixEQTL och GEMMA) samt uttrycksmönster (med MatrixEQTL). Bekantskap med olika versioner av kycklingens referensgenom, databehandling i högpresterande datormiljöer (HPC) som PDC och UPPMAX krävs också, liksom avancerade kodningskunskaper i programmeringsspråk i R, Bash (Linux), Python, Matlab och Mathematica.

Eftersom detta projekt är pågående är alla ovanstående färdigheter ett krav, och endast kandidater som uppfyller alla ovanstående krav kommer att beaktas. Tyngdpunkt kommer också att läggas på personliga egenskaper som engagemang, samarbetsförmåga, analytisk förmåga, självständighet samt initiativförmåga och organisationsförmåga.

Tjänsten kommer att erbjudas den kandidat som efter en kvalitativ bedömning bedöms vara mest lämpad att utföra och utveckla projektuppgifterna samt bidra till en positiv utveckling av ämnesområdet. Språk: Den sökande ska kunna skriva och kommunicera på engelska.

Om oss

Som forskare kommer du att arbeta på avdelningen för genetik, avel, biokemi och bioinformatik. 

Institutionen för husdjurens biovetenskaper är en del av Fakulteten för veterinärmedicin och husdjursvetenskap och ansvarar för utbildning och forskning inom flera grundläggande och tillämpade vetenskapliga områden. Dessa områden omfattar anatomi, fysiologi, biokemi, patologi, farmakologi, toxikologi, genetik, avel, immunologi, bakteriologi, virologi, parasitologi, epizootologi, komparativ medicin, livsmedelssäkerhet, bioinformatik och One Health. Vår forskning omfattar allt från produktionsdjur till sport- och sällskapsdjur, försöksdjur och vilda djur. Institutionens forskare arbetar i hela skalan från molekylära mekanismer och mikrobiologi till djurens struktur, funktion och beteende, och hur dessa påverkas av avel, fysisk aktivitet, skötsel, produktion, stress, miljöfaktorer och sjukdomar.

Mer information om institutionen/avdelningen: Länk till hemsida: https://www.slu.se/om-slu/organisation/institutioner/husdjurens-biovetenskaper/

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba vid SLU på https://www.slu.se/om-slu/jobba-pa-slu/

Placering:

Uppsala, Ultuna

Anställningsform:

Tillsvidareanställning. SLU kan komma att tillämpa provanställning.

Omfattning:

100%

Tillträde:

Enligt överenskommelse.

Ansökan:

Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen nedan senast 2026-06-12.

Fackliga kontaktpersoner:

https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/

 

Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) har en nyckelroll i utvecklingen för hållbart liv, grundad i vetenskap och utbildning. Genom vårt fokus på samspelen mellan människa, djur och ekosystem och ett ansvarsfullt brukande av naturresurserna bidrar vi till en hållbar samhällsutveckling och goda livsvillkor på vår planet. Huvudorter är Alnarp, Umeå och Uppsala, men verksamhet bedrivs också på forskningsstationer, försöksparker och utbildningsorter i hela landet. SLU har drygt 4000 medarbetare, 6000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över 4,5 miljarder kronor. Universitetet satsar på attraktiva miljöer på sina campusområden. Vi arbetar för en jämställd och inkluderande arbetsmiljö där öppna samtal mellan människor med olika erfarenheter lägger grunden för vetenskaplighet, kreativitet och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och perspektiv att söka den aktuella anställningen.