Gör skillnad. Varje dag. Verksamhetsområde klinisk genetik, patologi och molekylär diagnostik har drygt 400 medarbetare fördelade på fyra orter i Skåne och består av sektionerna Klinisk genetik, Klinisk patologi och Molekylär diagnostik. Sektionen för molekylär diagnostik bildades 2021 och vi är idag över 110 medarbetare. Vi arbetar för att stärka och utveckla verksamheten inom det snabbt expanderande fältet molekylär diagnostik och precisionsmedicin. Vårt uppdrag är att bedriva högspecialiserad och modern laboratoriediagnostik inom olika metodområden utifrån sjukvårdens växande behov. Vi bedriver vårt arbete i nära samarbete med övriga laboratoriemedicinska specialiteter inom Region Skåne och sjukhusförvaltningarna samt i nära samverkan med Lunds universitet och inom ramen för nationella initiativ såsom Genomic Medicine Sweden. Inom sektion Molekylär diagnostik utförs laboratorieanalyser inom allt från klassisk cytogenetik till massiv parallell sekvensering (MPS/NGS) via riktade dPCR-/PCR-/FISH-baserade genetiska analyser. Arbetet är främst inriktat på rutindiagnostik, men är parallellt mycket utvecklingsintensiv där nya analyser och metoder löpande implementeras i klinisk rutin. Under år 2023 utfördes mer än 38 000 kliniska analyser inom sektionen, inklusive drygt 13 000 NGS-analyser med inriktning på cancer, ärftliga frågeställningar och infektionssjukdomar. Vid sektionens NGS-facilitet, CMD (centrum för molekylär diagnostik), arbetar cirka 37 medarbetare med expertis inom NGS och bioinformatik. Bioinformatik- och mjukvaruteamet består av tolv personer med olika specialistkompetenser. Teamet sköter tillsammans utveckling och drift av allt från bioinformatiska pipelines och infrastruktur till IT-system, labbintegration/-automation och mjukvaror för tolkning av analysresultat. NGS-data genereras på CMD i en av Sveriges större maskinparker för short-read-sekvensering, med bland annat två Illumina NovaSeq 6000. Laboratory Information Management Systems (LIMS), används för att dokumentera provflödet från att ett prov anländer till sektionen till ett analysresultat svaras ut. Clarity LIMS, som har använts vid CMD sedan 2016, håller på att etableras inom hela sektionen för molekylär diagnostik och kopplas samman med laboratoriemedicins andra gemensamma IT-system (bland annat LabVantage). Vi söker nu en ny medarbetare som vill vara med i vårt arbete att vidareutveckla och expandera Clarity LIMS till hela Sektion molekylär diagnostik. ARBETSUPPGIFTER Tjänsten vi erbjuder är ett vikariat på tolv månader med möjlighet till förlängning och passar dig som är driven och lösningsorienterad. Dina huvudsakliga arbetsuppgifter är bland annat att bygga nya arbetsflöden i Clarity LIMS, ansvara för drift och kontinuerliga förbättringar av etablerade arbetsflöden, och hålla utbildning för nya medarbetare. Du kommer även att vara med och införa Clarity LIMS på delar inom vår sektion som inte jobbar i systemet idag. Vårt arbete ligger alltid i framkant och därmed sker i princip all utveckling av nya analyser på plats, från grunden. Nya analyser sätts upp löpande. Du kommer då att ansvara för att bygga provflöden i Clarity LIMS som ska dokumentera det laborativa arbetets gång, skapa integration med instrument, ge hjälp med olika uträkningar i labbet och sammanställa information till slutanalysen vilket antingen kan vara en bioinformatisk pipeline eller en rapport. Du kommer att delta i allt från planering, implementering och validering och slutligen underhåll av robusta arbetsflöden i Clarity LIMS. Programmeringen sker huvudsakligen i Python och systemspecifikt i Clarity LIMS. Inom arbetsgruppen och i nationella nätverk finns en mångfald av kompetens inom bioinformatik, programmering och systemadministration. Vi delar mycket av vårt arbete via github https://github.com/Clinical-Genomics-Lund och vi använder oss i högsta möjliga grad av mjukvaror med öppen källkod. KVALIFIKATIONER Vi välkomnar dig med kandidat- eller magisterexamen inom teknisk eller naturvetenskaplig inriktning såsom ingenjörsutbildning eller inom bioinformatik. Alternativt erfarenhet inom annat relevant område. Du har goda kunskaper i svenska och engelska i såväl tal som skrift. För rollen krävs även att du har erfarenhet av arbete i en terminalbaserad Linux-miljö och i skriptspråket Python. Det är starkt meriterande med erfarenhet av arbete i versionshanteringssystemet Git samt arbete i en verksamhet med dokumenteringskrav, såsom från ett ackrediterat laboratorium samt med laborativt arbete. Skicka gärna med exempel på kod du själv har skrivit. Har du erfarenhet av LIMS, framför allt Clarity LIMS och LabVantage LIMS ses det också som meriterande. Likaså erfarenhet av IT-infrastruktur, kravhantering samt av undervisning eller handledning. För att lyckas i rollen behöver du ha god samarbets- och kommunikationsförmåga samt kunna prioritera ditt arbete. Rollen kräver goda programmeringskunskaper där vi lägger stor vikt vid reproducerbarhet och noggrannhet. Du har god problemlösningsförmåga, och kan arbeta självständigt även då befintliga rutiner saknas. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet. Vi tillämpar löpande urval i denna rekrytering, varmt välkommen med din ansökan redan idag! ÖVRIGT Region Skåne finns till för att alla som bor i Skåne ska må bra och känna framtidstro. Genom gränslösa samarbeten och omtanke skapas de bästa förutsättningar för ett hälsosamt liv inom näringsliv, kollektivtrafik, kultur och hälso- och sjukvård i Skåne. Tillsammans gör vi livet mera möjligt. Medicinsk service är en av Region Skånes elva hälso- och sjukvårdsförvaltningar, med cirka 2 000 medarbetare. Vi möter vårdens behov av ambulanssjukvård, bild- och laboratorieteknik, klinisk träning, laboratoriemedicin och sjukvårdsrådgivning. Den laboratoriemedicinska verksamheten omfattar områdena arbets- och miljömedicin, biobank, genetik, immunologi och transfusionsmedicin, kemi, farmakologi, mikrobiologi samt patologi. Även smittskydd och vårdhygien tillhör förvaltningen. Inom förvaltningen bedriver vi även forskning. På https://www.skane.se/ledigajobb kan du se i vilket skede Region Skånes rekryteringar befinner sig och hur många som har sökt tjänsterna. Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser.