Arbetsbeskrivning

Projektbeskrivning

Forskarutbildningsämne: Bioteknik

Projektet syftar till att utveckla sannolikhetsbaserade djupinlärningsmodeller för att förbättra hur masspektrometerdata tolkas och matchas, ett område där Sverige har en ledande roll globalt. För detta kommer doktoranden att använda och utveckla beräkningsbaserade verktyg, och en god förståelse för proteomikdata kommer att vara viktig för tolkningen av resultaten. Doktorandtjänsten är en del av forskningsskolan inom DDLS (Data Driven Life Science). Doktoranden kommer främst att arbeta tillsammans med sina handledare, samt med andra doktorander och postdocs i handledarnas grupper.

Datadriven life science (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människors hälsa och globala ekosystem. SciLifeLab och Wallenberg National Program for Data-Driven Life Science (DDLS) syftar till att rekrytera och utbilda nästa generation av datadrivna livsvetare samt att skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap i Sverige. Programmet finansieras med totalt 3,3 miljarder kronor över 12 år av Knut and Alice Wallenberg Foundation (KAW).

Under 2026 kommer DDLS forskarskola att utökas genom rekrytering av 25 akademiska och 7 industriella doktorander. Under programmets gång kommer över 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: cell- och molekylärbiologi, evolution och biodiversitet, precisionsmedicin och diagnostik, epidemiologi och infektionsbiologi. För mer information, se: https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/

Framtiden för livsvetenskaperna är datadriven. Vill du vara en del av den förändringen? Då är du välkommen att delta i detta unika program!

Vid KTH utlyser vi en doktorandtjänst inom DDLS i datadriven cell- och molekylärbiologi. Datadriven cell- och molekylärbiologi omfattar forskning som i grunden förändrar vår kunskap om hur celler fungerar genom att studera deras molekylära komponenter i tid och rum, från enskilda molekyler till naturliga vävnadsmiljöer.

Handledning: Lukas Käll föreslås handleda doktoranden. Beslut tas vid antagning

Behörighet för antagning

För att bli antagen till forskarutbildning (kap 7 39 § högskoleförordningen) krävs att den sökande har grundläggande behörighet:

• avlagt en examen på avancerad nivå, eller
• fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
• på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Utöver ovanstående finns också ett obligatoriskt krav på engelska motsvarande Engelska B/6.

Urval

För att lyckas med dina doktorandstudier på KTH behöver du vara målinriktad och ihärdig i ditt arbete. Vid urval av de sökande bedöms förmågan att:

• självständigt driva sitt arbete framåt,
• kunna samarbeta med andra,
• ha ett professionellt förhållningssätt och
• analysera och arbeta med komplexa frågor.

Meriterande egenskaper och erfarenheter utöver de allmänna urvalskriterierna:

• Erfarenhet av maskininlärning eller djupinlärning, gärna med transformerarkitekturer
• Erfarenhet av probabilistisk modellering eller Bayesiansk statistik
• Programmeringsvana i Python, gärna med PyTorch eller liknande ramverk
• Kännedom om masspektrometri-baserad proteomik

Efter behörighetskraven kommer stor vikt läggas vid personliga egenskaper.

Målexamen: Doktorsexamen

Information om antagning och anställning

Endast den som antagits till forskarutbildning får anställas som doktorand. Den sammanlagda anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år. En anställd doktorand kan i begränsad omfattning (högst 20 %) utföra vissa arbetsuppgifter inom t.ex. utbildning och administration. En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år, anställningen får därefter förnyas med högst två år i taget.

Som doktorand får du del av KTH:s anställningsförmåner och har en månadslön enligt KTH:s avtal för doktorandlöner. Läs mer om Forskarstudier vid KTH | KTH | Sweden.

Fackliga representanter

Kontaktuppgifter till fackliga representanter.

Doktorandsektionen (Tekniska högskolans studentkår)

Kontaktuppgifter till doktorandsektionen.

Ansökan

Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska ha följande innehåll

• Kopior av examensbevis och betyg från tidigare universitetsstudier och intyg på uppfyllda språkkrav (se ovan). Översättningar till engelska eller svenska om originaldokumentet inte är utfärdade på ett av dessa språk. Kopior av original ska vidimeras
• CV.
• Ansökningsbrev Max 2 sidor
• Representativa publikationer eller tekniska rapporter.
• Länkar till kodrepon (t.ex. GitHub).

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (Central European Time/Central European Summer Time).

Övrigt

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering.

Det kan förekomma att en anställning hos KTH är placerad i säkerhetsklass. Om så är fallet för just denna anställning görs en säkerhetsprövning av sökande i enlighet med säkerhetsskyddslagen (2018:585) efter samtycke. I dessa fall är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd efter säkerhetsprövning.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.