Arbetsbeskrivning

Naturhistoriska riksmuseet är en statlig myndighet med regeringens uppdrag att främja kunskapen, forskningen och intresset för vår värld. Myndigheten är en framstående forskningsinstitution och Sveriges största museum. Museet har under mer än 200 år samlat in föremål och data och bedrivit forskning om livet på jorden. Samlingarna innehåller fler än 11 miljoner växter, djur, svampar, miljöprover, mineral och fossil. All forskning och kunskap delas i utställningarna, Cosmonova och i aktiviteter på museet och digitalt. På avdelningen för bioinformatik och genetik använder vi informationsteknologi och genetiska metoder för att studera biologisk mångfald och evolution. Vi söker nu en forskningsledare för DarkTree-projektet, finansierat av Knut och Alice Wallenbergs stiftelse. Tjänsten kommer att placeras i forskargruppen ledd av professor Fredrik Ronquist (https://ronquistlab.github.io/), som fokuserar på datadriven forskning om insekters mångfald och evolution. Anställningen är på deltid, 50%. Projektet pågår till 2029-12-31. ARBETSUPPGIFTER Du kommer att arbeta i ett tvärvetenskapligt team med målet att fylla de nuvarande luckorna i insekternas släktträd genom en kombination av genomsekvensering, datorseende och probabilistisk maskininlärning. Vi kommer att utgå från ett unikt insektsmaterial insamlat i projekten Insect Biome Atlas (finansierat av Knut och Alice Wallenbergs stiftelse) och LIFEPLAN (finansierat av Europeiska forskningsrådet). Materialet omfattar cirka 35 000 Malaisefälleprover, vilka innehåller ca 35 miljoner insekter av minst en miljon arter, varav de flesta inte är beskrivna. Alla prover har tidigare indexerats genom metastreckkodning av en genetisk markör (CO1), som används allmänt för artbestämning av insekter. Med hjälp av denna information och det nuvarande genom-baserade släktträdet kommer vi systematiskt att plocka ut exemplar av artrika men dåligt kända insektsgrupper för genomsekvensering. Processen kommer att inbegripa datorstödd manuell sortering av prover, DNA-streckkodning av enskilda individer för att verifiera artidentifieringen, och slutligen genomsekvensering och fylogenetisk analys för att kartlägga de dåligt kända delarna av släktträdet. De data som genereras kommer att användas för att studera insekternas diversifiering över tid, evolutionen av insekternas arvsmassa, och samevolutionen mellan insekter och deras symbiontiska mikroorganismer. Projektet kommer att involvera metodutveckling inom AI, datorseende och probabilistisk maskininlärning. Projektet är ett samarbete mellan forskare vid Naturhistoriska riksmuseet, Kungliga Tekniska Högskolan och Linköpings universitet. I projektet ingår också en rådgivande grupp bestående av svenska och utländska forskare. Den person vi söker kommer att spela en nyckelroll i projektet. Du kommer i samarbete med forskarna och den administrativa stödpersonalen på museet att ansvara för projektledningen, inklusive budgetplanering, ekonomisk återrapportering och resultatrapportering. Du kommer att samordna och leda forskningen i projektet i samarbete med projektets forskare och externa samarbetspartners. Slutligen kommer du att aktivt delta i några av forskningsaktiviteterna, från planering till publicering. Arbetet kommer att involvera resor samt organisering av projektmöten och utåtriktade aktiviteter. Vi förväntar oss att administrativa uppgifter kommer att uppta ungefär halva arbetstiden, och praktisk forskning resterande tid. KVALIFIKATIONER Vi söker en person med doktorsexamen och erfarenhet av forskning efter doktorsexamen inom ett område som är relevant för projektet. Du måste ha kunskaper om och erfarenhet av DNA-streckkodning, metastreckkodning och genomsekvensering. Tidigare erfarenhet av projektledning eller projektsamordning är också ett krav. Arbetet kräver goda färdigheter i skriftlig och muntlig kommunikation på engelska. Färdigheter i skriftlig och muntlig kommunikation på svenska är meriterande, liksom kunskaper om insekter och deras mångfald. ÖVRIGT Vårt mål är att genom forskning och publik verksamhet visa vägen till ökad kunskap och handlingskraft, för att vi tillsammans ska kunna bidra till en hållbar och ljus framtid. Vår långsiktiga strävan är att Naturhistoriska riksmuseets anställda ska spegla den mångfald som finns i Sverige. Vi välkomnar alla sökanden oavsett kön, bakgrund, ursprung och funktionsvariation. Inför rekryteringsarbetet har vi tagit ställning till rekryteringskanaler och marknadsföring. Vi undanbeder oss därför kontakt med mediesäljare, rekryteringssajter och liknande.